protocolo de muestreo

Muestreo del suelo para el análisis molecular de secuencias de ADN de AMF y EMF modificado a partir del protocolo Silva Nova/SoilBon.

sobre el terreno: equipo necesario
  1. Dispositivo GPS
  2. Cuaderno con bolígrafos
  3. Cinta de transecto
  4. Bolsas de plástico Mini-Grip o ZipLock (tamaño grande y pequeño; de un galón y de un cuarto)
  5. Sacatestigos de metal o PVC de 5 cm de diámetro x 10 cm de longitud (o similar)
  6. Mazo o martillo de goma
  7. Guantes de plástico o nylon
  8. Rotulador permanente
  9. Tubos o bolsas de plástico (50 ml)
  10. Gel de sílice
  11. Cámara
procedimiento
  1. Navegue hasta el lugar de muestreo y coloque dos transectos en ángulo recto para delimitar una zona de 900m2 (30m x 30m) para el muestreo. Se recogerán 9 submuestras (de 5 cm de diámetro a 10 cm de profundidad). Consulte la figura para ver el esquema general de muestreo. En total, habrá que combinar 9 muestras de la misma parcela en la bolsa de plástico. La cuadrícula puede redimensionarse para estudios de muestreo de lugares más pequeños que no quepan en una cuadrícula de 30 m x 30 m, aunque el tamaño preferido es de 30 m x 30 m.
  2. Rellene la hoja de metadatos.
    A. Anote el país de muestreo, el nombre del jefe de la expedición y los colaboradores.
    B. Clasifique el uso del suelo del lugar (por ejemplo, pequeña explotación agrícola, no agrícola, urbano, quemado).
    C. Registre las coordenadas GPS (WGS1984) utilizando un dispositivo GPS e idealmente en formato decimal (p. ej. -39.5818, -71.51917).
    D. Estime aproximadamente el número de especies vegetales presentes y el % de cobertura de árboles frente a hierba/plantas más pequeñas. Es importante documentar las plantas micorrícicas ectomicorrícicas y ericoides (Ericaceae). Si se conocen los nombres de las plantas, anótelos.
    E: Notas finales: anote cualquier otra cosa importante que no figure en la lista anterior.
  3. Póngase guantes. Retire la capa de hojarasca (material suelto) del punto central.
  4. En el primer punto central, registre la elevación y las coordenadas GPS utilizando un dispositivo GPS.
  5. Recoja la primera muestra de este punto central (5 cm de diámetro a 10 cm de profundidad) utilizando el extractor de muestras y coloque la tierra en la bolsa de plástico grande. Retire las raíces grandes y las rocas a mano (o con un tamiz, si lo prefiere). Escriba el nombre del lugar de muestreo, las coordenadas GPS, la fecha y el recolector con rotulador en cada bolsa. Tome una foto de cada bolsa.
  6. En cada dirección cardinal desde el punto central, mida 15 m y recoja 4 muestras adicionales después de retirar la hojarasca suelta. A continuación, complete un cuadrado completo para recoger las 4 muestras restantes (véase la figura). Debe haber 9 submuestras en total.
  7. Frote el exterior de la bolsa con las manos, mezcle las muestras a fondo pero con suavidad para que la tierra se convierta en una mezcla homogénea. La mezcla debe realizarse durante al menos 2 minutos para garantizar una homogeneización suficiente.
  8. Procese las muestras de suelo dependiendo de las condiciones del campo (húmedo vs seco):

    Para suelos secos
    : Tome una submuestra de 10-20 gramos en la bolsa más pequeña (o tubo) y añada una bolsa de té limpia con 10-20 gr de gel de sílice a la bolsa/tubo de suelo. Si lo prefiere, mantenga las muestras refrigeradas con hielo o compresas frías en una nevera de campo. Si se encuentra en un viaje de recogida de varios días y no tiene acceso a refrigeración, puede secar las muestras al aire o seguir sustituyendo el gel de sílice cuando sea necesario. No congele las muestras en el campo, ya que queremos evitar el impacto de la congelación y descongelación múltiples veces durante el transporte.

    ‍Parasuelos húmedos: Tomar una submuestra de 10-20 gramos en la bolsa más pequeña (o tubo), mantener en hielo o compresas frías en el campo. Refrigere al final del día (si es posible) hasta que llegue a la instalación de almacenamiento final. No congele las muestras en el campo, ya que queremos evitar el impacto de la congelación y descongelación múltiples veces. Si no es posible la refrigeración, utilice el mismo protocolo sugerido para la tierra seca.
  9. Navegue hasta el siguiente lugar de muestreo y repita los pasos 1 y 2. En la nueva ubicación, confirme que se encuentra al menos a 1,2 km (distancia sugerida) de la ubicación de muestreo anterior.
  10. Realice un "lavado del suelo" en el testigo de suelo para eliminar la tierra de la ubicación anterior. Para ello, recoja un testigo de suelo dentro de la zona de muestreo y deposítelo en el suelo.
  11. Repita la operación hasta que se hayan recogido todos los sitios.
  12. Tan pronto como sea posible, las muestras deben trasladarse a -20 ºC o -80 ºC para su almacenamiento hasta que pueda extraerse el ADN.